Il territorio comunale muggesano si allunga sul versante settentrionale dell'omonimo promontorio, tra i Monti di Muggia e le acque del Vallone di Muggia che lo separano dalla città di Trieste.
Il capoluogo, esposto a nord-est, sorge sul mare e si estende sulle colline e valli retrostanti. Il territorio comunale è caratterizzato da un tipico paesaggio collinare costiero, digradante verso il golfo di Trieste: dalle propaggini occidentali del promontorio si può godere dello spettacolo (cosa che avviene in pochi altri luoghi dell'Italia) del tramonto sul mare Adriatico.
È l'unico lembo d'Istria – insieme ad una sezione del comune di San Dorligo della Valle/Dolina – rimasto alla Repubblica italiana dopo la seconda guerra mondiale ed in seguito al Memorandum di Londra ratificato dal Trattato di Osimo (1975).

Muggia sorse probabilmente come castelliere (villaggio fortificato) protostorico (età del ferro, VIII-VI secolo a.C.). La cittadina sorse sicuramente sul colle di 172 m denominato oggi “Muggia Vecchia”. Nei pressi della cittadina furono rinvenute iscrizioni romane, un orologio solare, frammenti di mosaico e mattoni con bollo di fabbrica. Il primo documento certo in cui appare il nome di Muggia risale all’anno 931 e concerne la donazione fatta dai re d’Italia Ugo e Lotario al Patriarca di Aquileia dei “Castellum Mugla“.
 Dopo l'inizio della penetrazione romana nel Friuli e la fondazione di Aquileia nel 181 a.C., il territorio muggesano venne conquistato insieme al resto dell'Istria con le campagne condotte nel 178-177 a.C. I Romani vi posero un accampamento in posizione elevata, Castrum Muglae, per difendere le vie di comunicazione con la colonia dalle incursioni degli istri.
Lungo la costa esistevano altri insediamenti con ville, approdi, moli (nella baia di san Bartolomeo, a Punta Sottile e a Aquilinia-Stramare). Dopo la caduta dell'Impero romano d'Occidente, a Muggia si avvicendarono le dominazioni del goto Teodorico, dei Longobardi, dei Bizantini e dei Franchi. Nel 931 fu donata dai re d'Italia Ugo e Lotario al Patriarcato di Aquileia.
Nel 1354 subì un attacco da parte dei Genovesi e scelse di passare nel 1420 con la Repubblica di Venezia. Alla fine del XV secolo l'abitato sul colle, l'odierna Muggia Vecchia, perse progressivamente importanza, col trasferimento di buona parte degli abitanti sulla riva del mare, presso il "Borgolauro", dove tuttora si trova il centro cittadino.
 Dopo la fine della Repubblica di Venezia (1797) e la breve parentesi del Regno italico napoleonico (1805-1814), Muggia passò sotto il dominio asburgico, sotto il quale sviluppò una fiorente industria cantieristica navale. Questa prima industrializzazione, unita all'impetuosa crescita economica che stava interessando la vicina Trieste mutarono radicalmente il tessuto economico e sociale muggesano, fino ad allora incentrato sulla pesca e sul commercio di piccolo cabotaggio.
Nei primi decenni del XX secolo la cittadina si affermò definitivamente come cantieristico, grazie all'apertura Cantiere San Rocco e dell'antistante Cantiere "San Marco" di Trieste, facendo di Muggia un centro operaio e proletario.
 Alla fine dell'Ottocento il dialetto muglisano, una parlata ladina simile al friulano, si estinse. Le testimonianze delle ultime persone che parlavano il Muglisano sono state raccolte dall'abate Jacopo Cavalli nel 1889[5].
L'ultimo dei "Muglisani" fu Niccolò Bortoloni che fu una delle fonti, la più attendibile, a cui attinse il Cavalli e che morì all'inizio del 1898[6]. Va rilevato che per lungo tempo prima d'estinguersi il muglisano aveva convissuto con l'attuale muggesano, dialetto di tipo istro-veneto.